7. Outils développés pour l’étude du PBLG

7.1. helix le polymère builder

Cet outil, basé sur RDKit [18] permet de réaliser les étapes suivantes :

• construire un monomère et minimiser son énergie à partir de son code smile

• de créer un code smile pour le polymère.

• construire le polymère par addition de monomères (!) et en imposant les angles de torsion \(\phi\), \(\omega\) et \(\psi\) le long du squelette.

• minimiser la structure obtenue avec MMFF94s

• orienter le polymère le long de l’axe \(z\).

• vérifier la chiralité des C\(_\alpha\)

• vérifier les angles le long de la chaine peptidique

• imprimer les coordonnées finales de la structure au format xyz.

L’aide en ligne de helix est précisée ci-dessous :

curry: helix -h
usage: helix [-h] [-v] [-a CHAIN] [-dp DP] [-r ROOT]

Création d'un polypeptide avec une structure en hélice alpha. Le
monomère est de la forme --N(H)C(H)(R)C(=O)-- où R est la chaîne latérale.
Le script s'appuie sur la boite à outils "rdkit".

optional arguments:
  -h, --help  show this help message and exit
  -v          verbose mode
  -a CHAIN    amino acid (or lateral chain) ala, glu, blg
  -dp DP      Degree of polymerisation
  -r ROOT     Output root filename
---

Attention

Avant d’installer et d’exécuter helix, il est important de vérifier le code smile du monomère et en particulier les types du champ de force.