Outils développés pour l'étude du PBLG
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.. _subsec_helix:

``helix`` le polymère *builder*
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Cet outil, basé sur RDKit :cite:`rdkit` permet de réaliser les étapes suivantes :

- construire un monomère et minimiser son énergie à partir de son code smile
- de créer un code smile pour le polymère.
- construire le polymère par addition de monomères (!) et en imposant les angles de torsion :math:`\phi`, :math:`\omega` et :math:`\psi` le long du squelette.
- minimiser la structure obtenue avec MMFF94s
- orienter le polymère le long de l'axe :math:`z`. 
- vérifier la chiralité des C\ :math:`_\alpha`
- vérifier les angles le long de la chaine peptidique
- imprimer les coordonnées finales de la structure au format ``xyz``.

  
L'aide en ligne de ``helix`` est précisée ci-dessous :

.. code-block:: python

   curry: helix -h
   usage: helix [-h] [-v] [-a CHAIN] [-dp DP] [-r ROOT]

   Création d'un polypeptide avec une structure en hélice alpha. Le 
   monomère est de la forme --N(H)C(H)(R)C(=O)-- où R est la chaîne latérale.
   Le script s'appuie sur la boite à outils "rdkit".
   
   optional arguments:
     -h, --help  show this help message and exit
     -v          verbose mode
     -a CHAIN    amino acid (or lateral chain) ala, glu, blg
     -dp DP      Degree of polymerisation
     -r ROOT     Output root filename
   ---

.. Attention::
   
   Avant d'installer et d'exécuter ``helix``, il est important de vérifier le code smile du monomère et en particulier les types du champ de force.