Utilisation de PBS#

PBS est le système de gestion des ressources de la grappe. PBS dirige les travaux soumis dans la file d’attente souhaitée. Au 1er septembre 2023, les files existantes sont :

  • 6 mono2_16 : machine 16 coeurs

  • 13 mono2_20 : machine 20 coeurs

  • 1 gpu : machine un GPU A5000 et 48 coeurs intel

  • 6 mono2_48 : machine 48 coeurs

Pour soumettre un travail de nom jobname :

qsub jobname

Pour vérifier son statut :

qstat             ! pour une liste complete des jobs soumis
qstat -u MYLOGIN  ! uniquement pour l'utilisateur MYLOGIN

Le résultat de la commande indique le numéro de job, le nom du job (celui qui apparait dans le script jobname), le nom de l’utilisateur, le temps écoulé, le status (R=running, P=pending, Q=queued, …) et le nom de la file d’attente.

curry: qstat
Job id                    Name             User            Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
19420.n01                  PBS_JOBNAME      MYLOGIN        8752:47: R mono2_20

Pour supprimer un job en cours :

qdel 19420  ! le numero du job tel qu'il apparait dans la commande qstat

Exemple de job avec utilisation d’un répertoire de travail sur le noeud de calcul (et non pas dans le répertoire de lancement)

#PBS -q mono2_48     # nom de la file d attente
#PBS -N jobname      # nom du job
#PBS -j eo           # joindre les logs error et output

cd $PBS_O_WORKDIR

# creation du repertoire MYTMPDIR
export MYTMPDIR=/utmp/...mettre son login ici.../$PBS_JOBNAME$PBS_JOBID
mkdir -p $MYTMPDIR
echo "-------------"
hostname
echo $MYTMPDIR
echo "-------------"

# creation du script de connexion vers le noeud et le repertoire de calcul
HOTE=`hostname`
echo -n "ssh -t -Y $HOTE  '(cd $MYTMPDIR ; /bin/bash)' " > gotorun
chmod +x gotorun

# on déplace les fichiers d'entré de $MYTMPDIR vers $PBS_O_WORKDIR
cp toto.in $MYTMPDIR
cp ...

# on se place dans le répertoire de travail
cd $MYTMPDIR
### et on execute le code souhaite
...

# on récupère les fichiers de sortie de $PBS_O_WORKDIR vers $MYTMPDIR
cp toto.out $PBS_O_WORKDIR/
cp ...

# on retourne dans $PBS_O_WORKDIR
cd $PBS_O_WORKDIR

# on supprime le script de connexion (ou pas...)
rm gotorun