Installations logicielles#

nvidia hpc toolkit (pgf77)#

$ wget https://developer.download.nvidia.com/hpc-sdk/23.5/nvhpc_2023_235_Linux_x86_64_cuda_12.1.tar.gz
$ tar xpzf nvhpc_2023_235_Linux_x86_64_cuda_12.1.tar.gz
$ nvhpc_2023_235_Linux_x86_64_cuda_12.1/install NVHPC_SILENT=False NVHPC_INSTALL_DIR=/usr/local/nvidia_hpc_sdk NVHPC_INSTALL_TYPE=single

L’output de compilation donne quelques informations importantes, en particulier :

HPC SDK successfully installed into /usr/local/nvidia_hpc_sdk

In bash, sh, or ksh, use these commands:

$ MANPATH=$MANPATH:/usr/local/nvidia_hpc_sdk/Linux_x86_64/23.5/compilers/man; export MANPATH
$ PATH=/usr/local/nvidia_hpc_sdk/Linux_x86_64/23.5/compilers/bin:$PATH; export PATH

Once the 64-bit compilers are available, you can make the OpenMPI
commands and man pages accessible using these commands.

$ export PATH=/usr/local/nvidia_hpc_sdk/Linux_x86_64/23.5/comm_libs/mpi/bin:$PATH
$ export MANPATH=$MANPATH:/usr/local/nvidia_hpc_sdk/Linux_x86_64/23.5/comm_libs/mpi/man

gaussian#

  • Version installée (2023/06/02): Gaussian 16, rev. B01

  • Notes d’installation:

Récupération du CD puis création d’une iso (ICP, David L., licence UFR). Il faut préalablement installer Nvidia HPC SDK pour pouvoir bénéficier du compilateur PGI pgf77.

Création du groupe linux « gaussian » (en root). Seuls les utilisateurs de ce groupe auront accès à Gaussian. Ne pas oublier de propager à tous les noeuds du cluster (en root) :

groupadd gaussian
gpasswd -a rousseau gaussian
gpasswd -a root gaussian

cd /var/yp ; make

Monter l’iso (en root)

mkdir /mnt/gaussian
mount /usr/local/prod/gaussian16/G16.iso /mnt/gaussian/

Passer en csh et créer la variable d’environnement g16root, lieu d’installation de Gaussian 16. Définir une variable d’environnement pour le point de montage puis décompresser les sources. Modifier les permissions.

/bin/csh
setenv mntpnt /mnt/gaussian
setenv g16root /usr/local/gaussian  # lieu d'installation pour g16
cd $g16root

bzip2 -d -c $mntpnt/tar/*.tbz | tar xvf -
chgrp -R gaussian g16
chown -R root g16
cd g16
bsd/install

Lancer enfin la compilation (en root). Prévoir une petite heure. J’ai demandé une compilation pour un processeur cible sandybridge. On pourra tenter une version GPU et CPU 48c (voir release_b01.txt dans G16.iso). En fin de compilation, tous les exe créés appartiennent à root. Il faut donc corriger de nouveau le groupe des fichiers.

source $g16root/g16/bsd/g16.login (ou .profile... me rappelle plus)
bsd/bldg16 all sandybridge  >&make.log

chgrp -R gaussian g16/

  • Configuration utilisateur :

Ajouter (en root) le groupe gaussian à chaque utilisateur et propager aux autres machines !

gpasswd -a <username> gaussian

cd /var/yp ; make