.. _sec_pblg_oplsaam_chcl3: Etude du système PBLG+CHCl3 - OPLS-AA/M ====================================================================== Dans cette étude, on se propose de caractériser finement la structure du PBLG dans le chloroforme. Le système contient 4 hélices de PBLG de 36 monomères chacun. La concentration est de 0.14 (w/w) et la température est de On utilise le champ de force OPLS-AA/M pour décrire les interactions dans le PBLG (voir :ref:`sec_ffpblg`) et dans le chloroforme (:ref:`sec_ffchcl3`). Les interactions croisées sont obtenues en utilisant les règles de mélange géométriques. **A propos** de l'association (:cite:`Doty1956`) : "Chloroform solutions exhibit this behavior to some extent. In chloroform the effect is quite noticeable in samples having molecular weights in the range 20,000 to 100,000 but it diminishes at higher molecular weights to the point where it is indistinguishable from normal behavior." Préparation des boîtes de simulations -------------------------------------------------- Construction de l'hélice de PBLG ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ On utilise l'outil maison ``helix`` (voir :ref:`subsec_helix`). Les composantes du code smile du monomère sont donnés ci-dessous. Ces éléments doivent être entrés dans ``helix`` avant exécution (une seule ligne par code). .. code-block:: text pre="[N:238]([H:241])[C@@:224]([H:140])" R="([C:136]([H:140])([H:140])[C:136]([H:140])([H:140])[C:465](=[O:466])[O:467] [C:490]([H:469])([H:469])[c:165]1[c:145]([H:146])[c:145]([H:146])[c:145]([H:146]) [c:145]([H:146])[c:145]([H:146])1)" post="[C:235](=[O:236])" monSmile=pre+R+post On peut ensuite lancer l'exécution du code pour construire un polymère de DP=36 : .. code-block:: text > helix -a blg -dp 36 -r pblg36 Comme le montre la figure ci-dessous, la structure obtenue est fortement organisée. .. list-table:: :widths: 45 45 * - .. figure:: ./figs/PBLG36planXY.png PBLG36 vu dans le plan XY - .. figure:: ./figs/PBLG36alignZ.png PBLG36 aligné le long de l'axe Z Remplir topology.dat .. code-block:: 2 pp_oplsaam2020_pblg.dat extsmile pblg36 4 readCoords connect 1 1043 extsmile chcl3 0 Lancer ``lmpbuild`` .. code-block:: lmpbuild -t topology_pblg36.dat -norot 1 -box 200 173.2049964 51.72 Densité d'équilibre -------------------------------------------------- On a calculé la densité dans l'ensemble :math:`NPT` sur 4 *runs*. Chaque *run* dure 5 Mpas de 0.5 fs, soit 2.5 ns. Les 4 densités sont dans les erreurs statistiques. On considère donc la densité moyenne comme la moyenne sur ces 4 *runs*. .. code-block:: text #Run rho ES ---------------------------- 005 1.47492 0.0015258 006 1.47383 0.0018328 007 1.47432 0.0012319 008 1.47519 0.0019460 ---------------------------- AVG 1.47456 0.0009052 Ci-dessous, les valeurs moyennes de :math:`\rho`, :math:`P`, :math:`T` du système 4 PBLG\ :math:`_{36}` + 1615 CHCl\ :math:`_3` sur 10 ns. Les tailles de boites seront utilisées pour déformer la boîte avant de réaliser des simulations dans l'ensemble :math:`NVT`. .. code-block:: Density 1.47456 0.0009052 0.0054413 Press 1.22573 3.4796849 305.7156295 Temp 294.99607 0.0141019 2.1661812 Lx 73.48947 0.0334064 0.1972251 Ly 63.64369 0.0289308 0.1708018 Lz 54.30953 0.0311694 0.2191142 NB: la densité finale obtnue par ``lammps`` est de 1.4745322, légèrement différente de la densité de consigne.