.. _sec_ffchcl3: Champ de force pour le chloroforme ====================================================================== Etat de l'art ---------------------------------------------------------------------- Différents modèles ont été proposés dans la littérature : - le modèle de Dietz et Heinzinger :cite:`Dietz1984, Dietz1985`, un modèle rigide tout atomes. Ce potentiel a été optimisé avec un potentiel shifté, des règles de mélange LB, sur une boite de 200 molécules et un temps de simulation inférieur à 100 ps. Dans ces conditions, les auteurs obtiennent une densité de 1.484 g/cm3 à 295 K (1.489 exp.). Difficile de savoir ce que ce FF donne dans des conditions *standards* de simulation... - le modèle de Kovacs et al. :cite:`Kovacs1989, Kovacs1990`. Ce champ de force diffère de celui de Dietz par les charges utilisées mais également les paramètres LJ. Là encore, les simulations sont très courtes. Elles sont réalisées à densité imposée, ce qui ne permet pas de comparer la densité prédite avec la densité expérimentale. - Tironi et al. :cite:`Tironi1994` a comparé les FF de Dietz et de Kovacs avec le modèle OPLS-UA de Jorgensen. - Hubel et al. :cite:`Hubel2006` ont proposé une reparamétrisation, mais obtiennent une densité de 1.390, à 6% de la densité expérimentale. Dans ce travail, pour être cohérent avec la modélisation du PBLG pour lequel on utilise le FF OPLS-AA/M, on souhaite utiliser un FF compatible. Dans OPLS-AA, le modèle original pour le chloroforme est un modèle de type *united atoms* avec un groupement CH. On retrouve ce modèle même dans le SI du papier de Jorgensen :cite:`Jorgensen2024`. Plus récemment, Pascal et al. :cite:`Pascal2011` ont réalisé une comparaison de différents champs de force (Amber, Dreiding, GAFF et OPLS AA/L) pour différents solvants organiques, polaires et non-polaires. Les meilleurs résultats pour le chloroforme sont obtenus avec le champs de force OPLS-AA/L. Malheureusement, la référence pour les paramètres cite le logiciel MacroModel de Schrödinger et les paramètres ne sont pas donnés. Cependant, Caleman et al. :cite:`Caleman2012` donnent les paramètres utilisés par Pascal et al. :cite:`Pascal2011`. Les paramètres de dispersion-répulsion dans LigParGen et dans Caleman :cite:`Caleman2012` sont identiques : .. code-block:: text Sigma Epsilon [Å] [kcal/mol] ---------------------------------- C opls_152 3.50 0.066 H opls_153 2.50 0.030 Cl opls_151 3.40 0.300 Par contre, les charges utilisées sont très différentes : .. code-block:: text q(e) CM1a LBCC Caleman -------------------------------------- C 0.0793 0.3792 -0.3336 H 0.1826 0.1824 0.2979 Cl -0.0873 -0.1872 0.0120 Les paramètres pour les interactions liées sont : .. code-block:: text r_0 K (Å) (kcal/mol/A2) ----------------------------------- CX-HX 1.090 340.0 CX-Cl 1.781 245.0 ----------------------------------- theta_0 K HX-CX-Cl 107.6 51.0 Cl-CX-Cl 111.7 78.0 Comme toujours avec OPLS-AA on utilise des règles de mélange géométriques. Dans ma section suivante, on donne présente les tests utilisés pour valider le modèle proposé par LigParGen avec les charges partielles CM1a. Validation ---------------------------------------------------------------------- Pour valider chacun de ces jeux de charges, on a calculé différentes propriétés structurales et dynamiques. On a travaillé dans NVT, sauf pour la densité qui a été calculée dans NPT. Le tableau ci-dessous résume les différents résultats obtenus : .. code-block:: text Exp CM1a LBCC Caleman ----------------------------------------------------------------- E_vdwl -3280.23076 -3403.80086 -3275.08933 E_coul 1043.36937 5449.61824 4219.28787 ----------------------------------------------------------------- **rho** 1.489 1.512+-0.003 1.573+-0.002 1.508+-0.005 Err rho - 0.015 0.056 0.013 **15 ns** ----------------------------------------------------------------- **eps_r** 4.81 4.89 12.30 3.97 **11 ns** ----------------------------------------------------------------- **D[10-9]** 2.8 @295K, 2.45 @298K[2] D[10-9] 2.19 1.43 2.37 **5 ns** ----------------------------------------------------------------- **tau_2,0** NMR 1.92 [2] 1.4-1.8 [3] 1.3 [4] tau_2,0 1.446 2.224 1.491 **1 ns** ----------------------------------------------------------------- **eta** 0.54 @ 295 [2] 0.536 @ 298 K [5] eta 0.44 0.81 0.46 ----------------------------------------------------------------- [1] Dietz 1983 [2] Kovacs 1989 [3] Dietz 1985 [4] Tironi 1994 [5] Anton Paar https://wiki.anton-paar.com/en/chloroform/ NB: CM1a avec rc=10 et PPPM=1e-4 rho=1.511 **Bilan** : Le modèle de charges LBCC n'est pas acceptable. Les modèles de Caleman et CM1a sont très proches. Je retiens CM1a car il a été développé pour OPLS-AA directement et que les charges partielles me semblent plus cohérentes que celles proposées par Caleman.