1. Champ de force utilisé

On utilise le champ de force OPLS-AA. Les numéros des types se rapportent à l’annexe SI2 du papier de Jorgensen [1] mais après vérification, les paramètres de potentiels pour ce système sont les mêmes que ceux utilisés lors de la thèse de Xuefan Song.

Les types et classes utilisées sont donnés dans les figures Fig. 1, Fig. 2 et Fig. 3.

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Fig. 1 Attributions OPLSAA pour le MPD

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Fig. 2 Attributions OPLSAA pour le TMC

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Fig. 3 Attributions OPLSAA pour la fonction amide dans le dimère MPD-TMC.